De pronto, aparece en Japón una misteriosa y amenazadora pirámide con unos habitantes aún más extraños y francamente hostiles. Yaiba, aconsejado por su nueva amiga Esmeralda, quien le promete su apoyo en todo momento, se introduce en ella para llegar a la cima y detener una espantosa máquina que hundirá Japón bajo el mar. Dentro le esperan enemigos la mar de curiosos y trampas increíbles creadas por unos misteriosos seres que habitan en el subsuelo. El peor trago es descubrir que Esmeralda no es lo que parece. . .

Afortunadamente, la espada invencible de Yaiba entra en escena. Yaiba Kurogane, poseedor de la espada del Dios del Trueno, es el único capaz de hacer frente a Onimaru, un mortal poseído por el espíritu del Dios del Viento y que con ayuda de sus poderes demoníacos y de sus esbirros se ha hecho con el poder en Japón, y ansía extenderlo por el mundo.